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日本統治台灣時，將台灣當作經濟殖民地，但是當時的嘉南平原水資源貧乏，農地大多是不毛之地，嘉南地區農民常逢水旱雨災。日人遂成立「公共埤圳嘉南大圳組合事務所」負責興建嘉南大圳來解決嘉南平原灌溉用水的問題。當時事務所設於嘉義郡嘉義街，一直到西元1909年才遷移到台南廳內。西元1940年由於業務不斷擴張，才於現址重建。