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萬福庵原為鄭成功部將阮駿的府邸，建於明永曆年間(西元1646~1683)，列為市定古蹟。
明永曆年間(西元1656年)阮駿鎮守舟山，離世後三年，阮駿夫人與明宗室後裔、遺老等隨鄭經來臺，定居於寧靖王府後方，也就是現今之處，頌經禮佛、吃齋修行終其一生。阮夫人過世後，遂將其居所改為「阮夫人寺」，之後改稱「萬福庵」。
目前的萬福庵照牆為原建物，已有300多年歷史，外飾以白灰粉刷，照牆也稱為「照壁」，是為了讓外面的人不會直接看到屋內而設，也有風水擋煞之說。